Hvilket forvaltningsorgan som skal behandle søknader om dispensasjon etter forskriftene om prioriterte arter, samt etterfølgende klager, følger av første ledd i forskriftenes bestemmelser om dispensasjon samt forvaltningsloven.
Følgende bestemmelser skal imidlertid gjelde for planlagt bruk og tiltak som kan berøre både forskrifter om prioriterte arter og energi- og vassdragslovverket:
Dersom klagemyndigheten etter sektorregelverket er et departement, skal avgjørelsen av klage på vedtak vedrørende dispensasjon etter forskrift om prioriterte arter fattes av Klima- og miljødepartementet, dersom sektordepartementet ønsker dette.
Der en sak etter energi og -vannressurslovverket skal vedtas ved kgl.res., skal spørsmålet om klage på vedtak vedrørende dispensasjon etter forskrift om prioritert art, etter innstilling fra Klima- og miljødepartementet, behandles og avgjøres samtidig.
Videre skal følgende bestemmelser gjelde for saker der det søkes om dispensasjon pga. motstrid mellom forskriften om elvesandjeger og drift av et eksisterende vassdrags- og energianlegg og/eller en gjeldende tillatelse til et slikt anlegg:
Kun Kongen kan sette vilkår for dispensasjon etter forskriften om prioritering av elvesandjeger som legger begrensninger på handlingsrommet til drift av vassdrags- og energianlegg innenfor gjeldende tillatelser etter vassdrags- og energilovgivningen som er gitt av Kongen. Vilkår for dispensasjon etter forskriften om elvesandjeger som legger begrensninger på handlingsrommet til drift av vassdrags- og energianlegg innenfor gjeldende tillatelser etter energi- og vassdragslovgivningen som er gitt av Norges vassdrags- og energidirektorat, kan fastsettes av Miljødirektoratet.
Der vilkår for dispensasjon settes innenfor handlingsrommet i standardvilkårene om naturforvaltning i tillatelsen etter vassdragslovgivningen, skal dispensasjonsmyndigheten være det organ som har myndighet etter standardvilkårene (statsforvalteren eller Miljødirektoratet).
Eventuell klage på vedtak fattet av hhv. Norges vassdrags- og energidirektorat og Miljødirektoratet etter de respektive lovverk, behandles av hhv. Energidepartementet og Klima- og miljødepartementet i samråd.